まず、税務署から、調査に入る会社、日程、人員などが伝えられ、会社の方と、日程調整して欲しいという依頼が入ります。
その際に、税理士は、今回の税務調査の目的と事前に用意しておく資料を尋ねておきます。
税務調査の目的を尋ねると、概ね「通常の調査です。」や「一般の調査です。」と回答します。
事前に用意しておく資料は、通常、次のようになります。

• 総勘定元帳、得意先元帳などの補助簿
• 請求書、領収書、伝票などの証憑
• 在庫明細
• 契約書
• 給与台帳、年末調整関係書類
• 株主総会議事録、取締役会議事録などの商法関係書類

期間は、過去3年分というのが一般的です。

◆　ポイント　◆

税務署から会社へ電話がかかってきても、あわてないでください。

すぐ、返事をする必要はありません。

「顧問税理士と日程の調整をしてから、お返事いたします。」

と、落ち着いて答えてください。

顧問税理士が会社に連絡し、税務署の意向を伝え、日程調整等を行います。

税務署は、具体的に「○○月××日にお伺いしたい。」と言ってきますので、可能ならば合わせた方がよいでしょう。
もちろん、社長が出張で不在などの理由がある際は、別の日に変更することも可能です。

①調査初日

午前10時頃に、調査官が来社し、午前中は、社長に対して「会社の概況」についてヒアリングが行われます。
いろいろと質問してきますが、「聞かれたことにのみ、答える」という姿勢が無難です。
細かいことを聞かれて、「おそらく、こうじゃないかな」などの曖昧な回答をするよりも、「調べて後ほど返事します」といった回答の方がベターです。

調査官は、一見、経理とは関係のないことを聞いてくることがありますが、無関係のことは聞いてきませんので要注意です。

細かい経理の内容を、社長自ら把握しているとは限りませんので、質問が細かい箇所に及んできたら、「後ほど経理の方から返事します」と回答すれば、特に問題ありません。

ヒアリングは、正午を目処に終了します。

13時からは、午前中の社長ヒアリングに基づいて、総勘定元帳等の帳簿の調査が始まります。
通常は、一番重要な売上・仕入・在庫から開始します。
この際は、決算月の動きが見られます。例えば、3月決算の会社であれば、3月中の売上・仕入・在庫の関係を細かく調べられます。
また、特定の得意先（例えば、お得意様）を重点的に調べることもよくあります。

16時ごろになると、初日の調査は終了です。
その際に「この取引に関する請求書、領収書などの関係書類を一式、明日までに用意してください。」と宿題が出されることがありますので、適宜用意することになります。

②調査2日目　

初日と同様に、午前10時頃から、調査が始まります。
基本的には、昨日出された宿題の回答から始まります。

通常、2日目は、引き続き売上・仕入・在庫等の主要項目を調査することが多くなります。
このころになると、調査官も会社の取引形態や帳簿に馴れてきますので、質問内容が細かくなってきます。

売上などの主要項目に、特に問題が見つからなければ、給与、外注費などの経費項目の内、金額が大きい項目を調査します。
また、大きな設備投資を行っている会社ですと、固定資産関係の項目も調査します。

2日目も、初日と同様に16時頃で終了します。

③調査最終日

これまでと同様、午前10時頃から調査が始まります。

最終日は、その他の経費項目（交際費、会議費など）や源泉税や消費税などを調査します。
その後、15時頃になると社長同席の上、今回の税務調査の講評が調査官より行われます。

特に問題がなければ、基本的に会社での調査は終了です。
問題があれば、どうするかは後日、税務署との交渉になります。

会社での調査が終了しても、調査自体は続いていることが大半で、1・2週間後に税務署より顧問税理士に連絡が入り「問題ありませんので、これで終了します」というケースや「この問題箇所について、打ち合わせをしたい」というケースに分かれます。

ここから先は、顧問税理士が税務署との交渉を行いますので、その結果待ちということになります。
結果次第では、申告是認（問題なし）や修正申告、更正などのケースに分かれます。
もちろん税理士は、会社の代理人ですので、会社に有利な結論になるように全力を尽くします。

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